Du XVe au XVIIe siècle, des cadeaux diplomatiques, des souvenirs et des curiosités appartenant aux ducs de Brabant, et plus tard aux archiducs de Habsbourg, étaient exposés dans l'arsenal royal, une grande salle aux alentours du palais du Coudenberg. Les premières collections qui se trouvent à présent rassemblées aux Musées royaux d'Art et d'Histoire virent ainsi le jour. Malheureusement, un grand nombre de ces trésors furent transférés aux musées impériaux de Vienne.

En 1835, le jeune État belge s'enrichit d'un Musée d'Armes anciennes, d'Armures, d'Objets d'Art et de Numismatique, sous la direction du comte Amédée de Beauffort, avec l'ambition de placer l'État indépendant dans une perspective historique. Les collections furent amenées dans le Palais Industriel, l'actuelle aile gauche des Musées royaux des Beaux-Arts de Belgique.
 

  

L'institution qui, plus tard, reçut le nom de Musée royal d'Armures, d'Antiquités et d'Ethnologie, fit déménager ses collections vers la Porte de Hal, vestige de la deuxième enceinte de Bruxelles, qui venait juste d'être restaurée. Antoine-Guillaume-Bernard Schayes en fut le premier conservateur en chef. Les collections s'étoffèrent rapidement grâce à des dons importants comme ceux de Gustave Hagemans (1861) et d'Émile de Meester de Ravestein (1874).

Lorsque la Porte de Hal devint trop exiguë pour abriter le nombre toujours croissant de ces ?uvres, on décida de séparer les collections. Sous la direction du nouveau conservateur en chef Eugène Van Overloop, les ?uvres de l'Antiquité classique furent déplacées en 1889 vers le palais du Cinquantenaire, construit à l'initiative du roi Léopold II. En 1906, la collection ethnographique y fut également envoyée. La collection d'armes et d'armures resta à la Porte de Hal. Le nouveau complexe muséal du parc du Cinquantenaire prit alors le nom de Musées royaux des Arts décoratifs et industriels.

En 1912, l'appellation Musées royaux du Parc du Cinquantenaire vit le jour. Après l'édification du Musée de l'Armée en 1922, également logé dans le parc du Cinquantenaire, on décida de choisir un nouveau nom pour éviter la confusion. En 1926 donc, l'appellation « Musées royaux d'Art et d'Histoire » devint le nom officiel et l'est encore aujourd'hui.

En 1925, Jean Capart succéda à Eugène Van Overloop. Durant son mandat, les musées devinrent une institution scientifique de premier plan. L'entre-deux-guerres fut une période favorable pour les musées : les collections du Musée du Cinquantenaire s'accrurent, les finances augmentèrent et différents centres d'études furent créés. Plusieurs expéditions scientifiques furent organisées, comme celle pour l'Île de Pâques en 1934.

 

 

Avec la Deuxième Guerre mondiale, les activités des MRAH s'arrêtèrent brusquement. Les collections furent mises en sécurité. En 1942, Henry Lavachery reprit le poste de Jean Capart. Immédiatement après la guerre, il commença une importante réorganisation de l'institution. En 1946, un grave incendie réduisit en cendres toute une aile du musée du Cinquantenaire. Une partie des collections qui y étaient rassemblées fut détruite. La reconstruction fut longue et difficile et ce n'est qu'en 1966 qu'on inaugura la nouvelle aile.

Les travaux furent dirigés de manière compétente par le comte Joseph de Borchgrave d'Altena, conservateur en chef de 1951 à 1963, et puis par son successeur, Pierre Gilbert. Entre-temps, ils s'occupèrent aussi de l'élargissement des collections (avec, entre autres, l'acquisition de la série de tapisseries « L'histoire de Jacob ») ainsi que d'une modernisation muséologique.

Les conservateurs en chef qui suivirent continuèrent cette politique de réorganisation et de rénovation. Dès le milieu des années 70, de grandes expositions temporaires furent organisées, amenant plus de dynamisme. Les noms de ces conservateurs en chef sont : René De Roo (1969-1984), Herman De Meulenaere (1984-1987), Francis Van Noten (1987-2000), Eliane De Wilde (2000) et Anne Cahen-Delhaye (2000-2010).
 

 

Si la constitution des collections du musée du Cinquantenaire est étroitement liée à celles des Musées d'Extrême-Orient et avec l'historique de la Porte de Hal, le Musée des Instruments de Musique a, quant à lui, sa propre histoire. Son origine se rapporte directement au Conservatoire royal de Musique de Bruxelles. L'inauguration du Musée instrumental (ancien nom du Musée des Instruments de Musique) eut lieu le 1er février 1877. Partie intégrante du Conservatoire royal de Musique, il avait été créé dans un but didactique : faire connaître les instruments anciens aux étudiants.

Deux collections d'instruments de musique se trouvent à la base de cette création. D'un côté, la collection du célèbre musicologue belge François-Joseph Fétis (1784-1871), rachetée par l'État belge en 1872 et rassemblée au Conservatoire, dont Fétis avait été le premier directeur ; et, d'autre part, la collection d'une centaine d'instruments indiens que le radjah Sourindhro Mohun Tagore (1840-1914) avait offerts au roi Léopold II en 1876.

Victor-Charles Mahillon (1841-1924), le premier conservateur, continua sur cette lancée et constitua ainsi la plus riche collection au monde. À sa mort, le musée possédait 3.177 instruments de musique. Cette spectaculaire extension de la collection prit fin après Mahillon. Son successeur fut Ernest Closson (de 1924 à 1936), remplacé à son tour par son fils Herman (de 1936 à 1945). Suivirent René Lyr (de 1945 à 1957), Roger Bragard (de 1957 à 1968), René De Maeyer (de 1968 à 1989), Nicolas Meeùs (intérim de 1989 à 1994) et Malou Haine (depuis 1994). La collection qui, pendant des décennies, fut dispersée dans différents bâtiments du Sablon, reçut finalement un toit digne d'elle dans le célèbre bâtiment Art Nouveau « Old England », restauré en musée moderne qui ouvrit ses portes en juin 2000.

 

Pas très loin de l'endroit où se trouvent actuellement les Musées d'Extrême-Orient, dans le domaine royal de Laeken, s'élevait, au dernier quart du XVIIIe siècle, une pagode chinoise. Elle dominait le parc faisant partie du domaine appartenant au gouverneur-général des Pays-Bas autrichiens. Était-ce là un présage ?
 

En 1900, le roi Léopold II conçut le plan d'ériger un musée en plein air, composé de plusieurs pavillons exotiques. Il avait vu quelque chose de semblable la même année à l'Exposition universelle de Paris : le panorama Tour du Monde. Il engagea alors l'architecte parisien Alexandre Marcel (1860-1928) pour construire une « tour japonaise ». Elle fut terminée en novembre 1904 et l'inauguration officielle eut lieu le 5 mai 1905. À cette occasion, le roi organisa une garden-party. Bien que le projet du musée en plein air fût abandonné rapidement, le roi offrit, en 1909, le bâtiment à l'État belge. La Tour devint alors une annexe du musée du Commerce du Ministère des Affaires étrangères. Elle ferma ses portes pendant la Première Guerre mondiale, les rouvrit en 1922 et passa sous la tutelle des Musées royaux d'Art et d'Histoire. À partir de 1947, la Tour japonaise fut fermée au public et ce n'est qu'en 1989, après une longue série de travaux de restauration, qu'on put à nouveau la visiter. Depuis lors, on y présente des expositions de qualité portant sur la culture japonaise et son histoire.

Au début du XXe siècle, Léopold II confia également à l'architecte Alexandre Marcel la construction d'un « pavillon chinois ». Le roi avait comme objectif d'en faire un restaurant de luxe pour les hommes d'affaires qui avaient tissé des liens économiques avec la Chine ou qui souhaitaient en créer. En 1903, on commença les travaux. Ils furent interrompus en 1905 et repris en 1909. Le Pavillon chinois, qui doit surtout son look chinois aux panneaux importés de Shanghai sur sa façade extérieure, fut ouvert en 1913, non pas comme restaurant mais comme annexe du musée du Commerce, tout comme la Tour japonaise. En 1921, les Musées royaux d'Art et d'Histoire se virent confier sa gestion. Tout au long des années, le Pavillon se constitua une merveilleuse collection de porcelaines chinoises d'exportation, toujours visible dans ses salles aujourd'hui.

Le petit bâtiment sobre situé derrière le Pavillon chinois abrite à présent le Musée d'Art japonais. Il fut construit en 1903 par Alexandre Marcel comme remise pour les carrosses et les automobiles dans lesquels devaient arriver les clients pour le restaurant chinois. Comme ce dernier n'a jamais ouvert ses portes, l'annexe est restée sans fonction. En 1990, les Musées royaux d'Art et d'Histoire et la Régie des Bâtiments décidèrent de la rénover et de la transformer en musée dans lequel les riches collections d'art japonais des MRAH seraient exposées. Ce musée est ouvert depuis mars 2006.