Contrairement aux plus grands musées européens, qui se sont intéressés de bonne heure aux arts de l'Égypte ancienne, les Musées royaux d'Art et d'Histoire abritent une collection égyptienne dont la formation remonte à une époque relativement récente. Elle est née vers 1850, d'un petit noyau d'objets auxquels sont venues se joindre, au cours de la seconde moitié du XIXe siècle, deux acquisitions importantes : celle de la collection G. Hagemans (1861) et la donation E. de Meester de Ravestein (1884). Mais c'est surtout à Jean Capart (1887-1947), le fondateur de l'égyptologie en Belgique, qu'elle doit aujourd'hui son renom. Cet homme dynamique savait à merveille susciter l'intérêt des mécènes. Ses acquisitions, au marché des antiquités comme aux ventes publiques, accrurent considérablement les collections. Celles-ci se développèrent, en outre, grâce à des objets provenant de fouilles en Égypte et notamment par les découvertes que Jean Capart fit à Elkab après y avoir ouvert, en 1937, un chantier de fouilles belges.
La section égyptienne possède actuellement plus de 11.000 objets représentatifs de toutes les périodes de l'histoire égyptienne. Les pièces exposées ne forment qu'un choix de l'ensemble de la collection : d'une part, des oeuvres de qualité exceptionnelle illustrant les aspects les plus divers de l'art de l'Égypte ancienne ; de l'autre, des objets qui offrent surtout un intérêt documentaire. Parmi les chefs-d'oeuvre, citons la statue en calcaire dite la Dame de Bruxelles (vers 2700 av. J.-C.), la tête du pharaon Mycérinus (vers 2500 av. J.-C.) et le portrait en relief de la reine Tiy, épouse d'Aménophis III (vers 1375 av. J.-C.). La collection comprend aussi une chapelle funéraire complète, le mastaba de Neferirtenef (vers 2400 av. J.-C.), plusieurs cercueils et momies d'époques diverses, dont la Momie dite de la brodeuse, et un des plus beaux Livres des Morts égyptiens : le rouleau de papyrus du sculpteur Neferrenpet (vers 1300-1250 av. J.-C.).
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Les collections Égypte du Musée du Cinquantenaire possèdent désormais leur audioguide. Celui-ci, compris dans le prix du ticket d'entrée, est disponible à l'accueil.